位于东京都台东区的上野公园内。于1877年1月建立。上野本馆于2008年6月被指定为重点文化财产，其部分藏品被指定为国家重点文化财产。
位于上野公园内的国立科学博物馆是日本从绳文?弥生时代到古坟时代的遗迹，还有一部分是曾在幕末明治维新时期遭烧毁的宽永寺子院落群遗迹。1944年，发掘工作随博物馆新馆整修工程进行，在当时上野本馆正面设置的座头鲸模型（现白长须鲸模型的展示位置）和当时探险馆的一部分发掘出古代遗迹。发掘成果有：江户时代宽永寺青龙院的基石、地下室、井等遗迹；江户时代（17世纪末到18世纪初）的瓷器、陶器、土器，及大量当年在大火中焚毁的瓦片；日本早期从安南（现越南）进口来的安南染制品碎片；弥生时代的竖式穴居遗迹；古坟时代的土俑·陶俑碎片。另外还在旁边的国立西洋美术馆发掘出竖式穴居遗迹。
　　对于上野本馆的发掘工作至今为止已进行了两次，其发掘成果均记载入发掘报告，现收藏于台东区内的公共图书馆内，可供读者自由阅读。
〒110-8718　東京都台東区上野公園7-20
TEL 03-5777-8600