玛瑙寺原本在孤山玛瑙坡。《咸淳临安志》卷七九：“瑪瑙宝胜寺，开运三年，錢氏建。治平二年，改賜今額。寺旧在孤山，紹兴二十二年，以其地为建延祥观，而徙寺于葛岭（錢塘县）之东。紹定六年，剏高僧閣。淳祐八年趙安撫與（竹艮心）重建。旧寺有法慧禅师智圓墓，今迁塔于寺之后山。圓自号中庸子，临寂，作詩自悼”。说的就是在开运三年（946），年仅18岁的吴越国第三代钱王弘佐（941.8-947.6）在位）选址“岿介两湖之间”、独立一峰于中的梅花屿，“辟禅关据西湖之胜也”，创建宝胜院（也有说寺建于“南朝四百八十寺，尽在楼台烟雨中”的晋朝，并非钱氏首建，为钱氏重建）。从北山回望，一片梵宇秀出湖心，碧波环绕，“宛若仙境”，大有“蓬莱宫在水中央”的意趣。宋英宗曙治平二年（1065），因见该寺坐落“石径生光径”的玛瑙坡，遂赐额“玛瑙宝胜院”。大中祥符间，高僧智圆出任住持。